■第1期までのあらすじ
青い海が広がる千葉県鴨川市、鴨川女子高校ジャージ部のたったひとりの部員として、助っ人に奔走する京乃まどかは、宇宙からやってきたランとムギナミとの出会いにより、伝説のロボット“ウォクス”をめぐる戦いに巻き込まれていく。
彼女たちは、3体の“ウォクス”に乗り、宇宙より襲来した敵から鴨川の街を守るために戦うが、レ・ガリテ軍の到着により、突然離れ離れになってしまう。
いつしか、深い友情を築いていった3人は、ふたたび鴨川で再会することを誓うのだった……。


■「鴨川デイズ」あらすじ
TVシリーズでは描かれなかった、まどか、ラン、ムギナミ、それぞれの日常を描くオリジナルストーリー。
―インド洋、マダガスカル。熱帯の洋上に移動してきたファロスでは、沈黙をつづけるウォクス・アウラの起動実験が行われていた。まるで成果の出ない実験にウンザリしはじめていたまどかを、アステリアは鴨川に帰すことにする。
鴨川のお正月！　山ほどの年賀状がまどかの元に届いていた。その中からまどかが発見したのは、宇宙からの年賀状、それも二通！　宇宙年賀状にはレ・ガリテの皇女として忙しく飛びまわるラン、ヴィラジュリオ王の近衛兵となったムギナミの近況がつづられていた。が、お互いのことが一言も書かれておらず、二人で会っている様子はない……。
50光年彼方のポリへドロンに暮らすランとムギナミは、まどかから返事を受け取る。その時から、二人の心が動きはじめる。同じ頃、アステリアも田所司令に重大任務を言い渡す。彼女たちが、まどかのために用意するサプライズとは？